O Campeonato Baiano de 2009 será disputado em turno único. As 12 equipes se enfrentarão no sistema de ida e volta, classificando-se para a fase semifinal as quatro primeiras colocadas. O último colocado será rebaixado. Os critérios de desempate são os seguintes:
1 - Maior número de vitórias
2 - Maior saldo de gols
3 - Maior número de gols marcados
4 - Maior número de pontos ganhos no confronto direto
5 - Maior saldo de gols no confronto direto
6 - Sorteio
Na fase semifinal, o melhor colocado da primeira fase enfrentará o quarto e o segundo terá pela frente o terceiro. Os confrontos serão de ida e volta, e a equipe com melhor campanha decidirá em casa com a vantagem de jogar por empate no placar combinado.
A final será disputada pelos dois clubes vencedores do confronto semifinal. O time com melhor campanha, incluído o desempenho na fase anterior, jogará a segunda partida em casa com a possibilidade de ser campeão em caso de igualdade no placar combinado.
| Time | PT | V | SG | |
| 1º | Bahia de Feira | 15 | 5 | 6 |
| 2º | Bahia | 13 | 4 | 5 |
| 3º | Vitória | 12 | 3 | 14 |
| 4º | Atlético | 12 | 3 | 9 |
| 5º | Vitória da Conquista | 10 | 3 | 1 |
| 6º | Feirense | 6 | 1 | -1 |